Moğol” üçlemesinin ilk filmi olan “Cengiz Han”, genç Timuçin’in savaşarak esaretten kurtuluşunu ve dünyanın yarısını ele geçiren uçsuz bucaksız Moğol İmparatorluğu’nun kurucusu olan Cengiz Han ünvanına sahip oluşunu konu alıyor...

Esugei Kağan, dokuz yaşındaki oğlu Timuçin ile Moğol bozkırlarında Merkit boyuna gelin seçmeye gider. Böylece Merkitlerle yıllarca süren düşmanlığa bir son verip barış sağlayabileceklerdir. Ama Timuçin, eşini yolda dinlenmek için durdukları bir kabileden seçince Merkitler ile yapılacak barış suya düşer. Dönüşte düşmanları tarafından zehirlenen Esugei ölür ve dokuz yaşındaki Timuçin kabilenin başına geçer.

Kabilenin yeni kağanı Targutai, ileride kabilenin kağanı olacak Timuçin’i öldürmek ister. Ancak Moğol halkının kurallarına göre bir çocuk asla öldürülmez. Bunun için Targutai onu esir alır ve öldürmek için büyümesini bekler. Timuçin, Targutai’nın esaretinden kurtulunca babasının intikamını almak ve Borthe ile evlenmek için geniş Moğol bozkırlarında, gökyüzünün hakimi Büyük Tanrı Tengri’ye sığınarak zor da olsa hayatta kalmayı başarır ve gelecekte kabilesinin kağanı olacak kan kardeşi Jamuhka ile tanışır.

Timuçin, sevdiği kadın Borte’ye de kavuşur ama Merkitler intikam almak için Borthe’yi kaçırırlar. Bunun üzerine Timuçin, kan kardeşi Jamuhka’dan yardım ister. Birlikte Merkit boyuna bir baskın düzenler ve Borthe’yi geri alırlar. Timuçin’in adaletinden çok etkilenen Jamuhka’nın adamları kendi kağanlarını bırakıp güçlü savaşçı Timuçin’e katılırlar.

İki kan kardeş, birbirlerine sonsuz saygı duysalar da, ikisi de çekişen kaderlerinden dolayı bir gün karşı karşıya geleceğini bilirler. Timuçin’in tek arzusu, herkesin uyması gereken kurallar koyup tüm Moğolları bir araya getirmektir.